Entre los inconvenientes que podrían citarse:
El mercado es más reducido y su producción y difusión depende mayoritariamente del trabajo voluntario.
Desconfianza y resistencia al cambio por parte de los usuarios.
En muchos casos, su implantación requiere una migración desde un sistema propietario.
Al igual que el software privativo, no tiene garantias provenientes del autor.
La diversidad de distribuciones, métodos de empaquetamiento, licencias de uso, herramientas con un mismo fin, etc., pueden crear confusión en cierto número de personas.
Se necesita dedicar recursos a la reparación de errores.
En muchas ocasiones, los proyectos importantes y con trayectoria son los únicos que cuentan con soporte, tanto de desarrolladores como de los usuarios de la comunidad.