El primer antecedente relacionado con la andadura de Andalucía dentro del Software Libre, y el posterior nacimiento de Guadalinex, tuvo lugar en el año 2001, fecha en la que se funda la Asociación para la Difusión y el Avance del Software Libre de Andalucía (ADALA).
Los miembros de esta Asociación organizaron la I Jornada de Software Libre de Andalucía, así como la Tercera Edición de GUADEC en el 2002, eventos en los que se debatieron cuestiones relacionadas con la posibilidad de que el Software Libre llegara a las Administraciones Públicas y al mundo privado empresarial.
Todos estos debates y cambio de impresiones se recogieron en un informe presentado a la Consejería de la Presidencia, en el que se aconsejaba el uso de Software Libre por parte de las instituciones públicas andaluzas. A través de este informe se creó el marco necesario para el posterior nacimiento de Guadalinex.
Más tarde, las buenas ideas se materializaron en hechos con el Decreto72/2003 en cuyo texto se incluía al Software Libre como herramienta para el impulso de la Sociedad del Conocimiento en Andalucía. La Junta de Extremadura y la Junta de Andalucía iniciaron un acuerdo de colaboración por el cual compartirían un software base común y unos repositorios compatibles con los de Debian, que era la primera distribución en la que estuvo basada Guadalinex.
Con el tiempo ese acuerdo de colaboración se rompió porque las soluciones técnicas adoptadas por los dos proyectos comenzaron a diferir, Linex decidió seguir apostando por Debian, mientras que Guadalinex se decidió por Ubuntu.