Si vous choisissez de démarrer GNU/Linux directement depuis le disque dur et que vous n'installez pas un poste de travail sans disque, on vous demandera d'installer un secteur d'amorçage principal (master boot record). Si vous n'utilisez pas de gestionnaire de démarrage (c'est probablement le cas si vous ne savez pas ce qu'est un gestionnaire de démarrage) et si vous n'avez pas d'autre système d'exploitation sur cette machine, répondez « MSG-YES » à cette question. vous ne pourrez plus, par exemple, démarrer normalement MS-DOS sur votre machine. Faites attention, et lisez : Section 8.3, « Réactiver DOS et Windows ».

Si vous répondez « MSG-YES », on vous demandera ensuite si vous souhaitez lancer automatiquement GNU/Linux depuis le disque dur au démarrage du système. La partition root de GNU/Linux deviendra alors la partition de démarrage — celle qui sera chargée depuis le disque dur.

Le chargeur d'amorçage standard pour i386 s'appelle « LILO ». C'est un programme complexe, qui offre de nombreuses fonctionnalités, parmi lesquelles la gestion de démarrage de MS-DOS, NT et OS/2. Veuillez lire attentivement les instructions contenues dans le répertoire /usr/share/doc/lilo/ si vous avez des besoins spécifiques ; et lisez aussi le LILO mini-HOWTO.

Si vous commettez une erreur et que vous ne pouvez plus démarrer MS-DOS, vous devez utiliser un disque de démarrage MS-DOS et utiliser la commande fdisk /mbr pour réinstaller le secteur d'amorçage principal de MS-DOS (master boot record) — mais cela signifie que vous devez aussi trouver un moyen pour retourner à Debian ! Pour plus d'information, reportez-vous à : Section 8.3, « Réactiver DOS et Windows ».

Si vous installez un poste de travail sans disque, démarrer depuis le disque local n'a évidement pas de sens, et cette étape sera sautée.