Las máquinas Motorola 680x0 generalmente se auto-configuran y no requieren configuración de firmware. Sin embargo, debe asegurarse de que tiene el ROM y parches del sistema apropiados. En Macintosh, se recomienda MacOS versión >= 71. debido a que la versión 7.0.1 tiene un fallo de los controladores de vídeo que impiden al gestor de arranque desactivar las interrupciones de vídeo, lo que resulta en un colapso del arranque. El arranque de Amiga requiere ixemul.library, cuya versión es distribuida en el CD-ROM. En sistemas BVM VMEbus debe asegurarse que esta usando BVMBug revisión G o superior del boot ROM. El boot ROM BVMBug no viene como estándar en los sistemas BVM pero están disponibles sin costo a solicitud.

Muchas personas han intendado hacer funcionar su sistema de 90 MHz a 100 Mhz, etc. Esto usualmente funciona, pero es sensible a la temperatura y otros factores y de hecho podría dañar su sistema. Uno de los autores de este documento forzó la velocidad de su sistema durante un año y entonces el sistema empezó a abortar el programa gcc con una señal inesperada mientras estaba compilando el núcleo del sistema operativo. El cambiar la velocidad del procesador a su valor original solucionó el problema.

El compilador gcc frecuentemente es la primera cosa que falle debido a módulos de memoria defectuosos (u otros problemas de hardware relacionados que pueden cambiar la información impredeciblemente) debido a que construyen grandes estructuras de datos que lo sobrepasa repetidamente. Un error en estas estructuras de datos causará una ejecución de una instrucción ilegal o acceso a una dirección no existente. El síntoma de esto será que gcc falle con una señal inesperada.

Las placas de RAM de Atari TT son notables por los problemas de RAM en Linux, si usted encuentra cualquier problema extraño intente ejecutar al menos el núcleo en ST-RAM. Los usuarios de Amiga podrían necesitar excluir la RAM usando un fichero de memoria de arranque.