Počítače typu Motorola 680x0 se obvykle konfigurují samy a nepotřebují žádný zásah do nastavení firmwaru. V každém případě byste se však měli ujistit, že používáte příslušné záplaty jak systému, tak ROM. Na Macintoshích je doporučená verze MacOS >= 7.1, protože verze 7.0.1 obsahuje chybu v ovladačích videa, která zabrání zavaděči deaktivovat přerušení videa, což způsobí zaseknutí počítače. Zavaděč Amigy potřebuje ixemul.library ve verzi, která je na CD-ROM. Na systémech BVM VMEbus byste měli použít boot ROM BVMBug revize G nebo vyšší. Boot ROM BVMBug nejsou součástí systémů BVM, ale jsou zdarma dostupné na požádání.

Mnoho uživatelů se pokoušelo přetaktovat chod procesoru na vyšší než určenou frekvenci (např. 400MHz na 433MHz). Správná funkce počítače pak může být závislá na teplotě a dalších faktorech a někdy hrozí i poškození systému. Jednomu z autorů tohoto dokumentu fungoval přetaktovaný systém přes rok bezchybně a pak začalo docházet k nenadálému ukončení běhu kompilátoru gcc s chybou unexpected signal při kompilaci jádra. Nastavení rychlosti CPU na nominální hodnotu tyto problémy odstranilo.

Kompilátor gcc často jako první poukáže na problémy s pamětí (nebo na jiné hardwarové problémy způsobující nepředvídatelnou modifikaci dat), neboť vytváří velké datové struktury, které opakovaně prochází. Chyba v uložení dat způsobí vygenerování neplatné instrukce nebo přístup na neexistující adresu. Symptomem je pak ukončení překladu chybou unexpected signal (neočekávaný signál).

Desky Atari TT RAM jsou proslulé svými problémy pod Linuxem. Pokud zaznamenáte nějaké divné chování, zkuste alespoň spouštět jádro v ST-RAM. Uživatelé amigy možná budou muset vyřadit RAM použitím mem souboru zavaděče.