Pour les systèmes Macintosh, Atari et Amiga, le système d'exploitation d'origine devra être conservé tel quel ; il sera utilisé pour lancer GNU/Linux. Cette étape n'est pas possible pour ces architectures. Il est primordial que, lorsque vous amorcez MacOS pour lancer le gestionnaire de démarrage Penguin Linux, vous mainteniez la touche majuscule (shift) enfoncée pour éviter le chargement des extensions (si vous n'utilisez MacOS que pour démarrer Linux, vous pouvez obtenir le même résultat en enlevant toutes les extensions et les panneaux de contrôle depuis le dossier Système de Mac). Sinon, les extensions peuvent être exécutées et être à l'origine de divers problèmes sur le noyau Linux en fonctionnement.