O conceito mais importante para quem estiver migrando é o sistema de empacotamento da Debian. Em essência, grandes partes do seu sistema deverão ser consideradas sob parte do sistema de empacotamento. Estas incluem:

Por exemplo, se substituir /usr/bin/perl, isto funcionará, mas quando atualizar seu pacote perl, o arquivo que colocou lá será substituido. Os mais experientes poderão contornar este problema colocando os pacotes em "hold" no aptitude.

Um dos melhores métodos de instalação é via o apt. Você poderá usar a versão em linha de comando apt-get ou a versão em tela cheia aptitude. Note que o apt também lhe permitirá juntar main, contrib, e non-free assim terá pacotes com restrições de exportação assim como versões padrões.

Versões alternativas de aplicativos são gerenciadas pelo update-alternatives. Caso estiver mantendo múltiplas versões de suas aplicações, leia a página de manual do update-alternatives.

Quaisquer tarefas sob o controle do administrador de sistemas deverão estar localizadas em /etc, pois eles são arquivos de configuração. Caso tenha um agendamento do cron para execuções diárias, semanais ou noturnas, coloque-as em /etc/cron.{daily,weekly,monthly}. Estes serão executados a partir do /etc/crontab e serão executados em ordem alfabética, executando-os em série.

Por outro lado, caso tenha uma tarefa do cron que precise ser executada como um usuário especial ou precisa ser executada em hora ou frequência especial, você poderá usar ou o /etc/crontab ou, melhor ainda, o /etc/cron.d/whatever. Estes arquivos em particular também tem um campo extra que lhe permite especificar o usuário que executará a tarefa do cron.

Em qualquer caso, apenas precisará editar estes arquivos e o cron perceberá a mudança automaticamente. Não há necessidade de executar qualquer comando especial. Para mais informações veja a página de manual do cron(8), crontab(5) e o arquivo /usr/share/doc/cron/README.Debian.