Entre los inconvenientes que podrían citarse:
El mercado empezó siendo más reducido y su producción y difusión dependía mayoritariamente del trabajo voluntario.
Resistencia inicial al cambio por parte de los usuarios que desconocen el software libre.
En muchos casos, su implantación requiere una migración desde un sistema propietario.
Al igual que el software privativo, no tiene garantias provenientes del autor.
La diversidad de distribuciones y herramientas puede crear confusión en cierto número de personas a la hora de elegir y tomar decisiones.
Se necesita dedicar tiempo y recursos a la reparación de errores.
En muchas ocasiones, los proyectos importantes y con trayectoria son los únicos que cuentan con soporte, tanto de desarrolladores como de los usuarios de la comunidad.
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